У меня возникли проблемы с реализацией конвейера, в котором первым шагом является загрузка данных с некоторого сервера. Насколько я понимаю, все правила должны иметь входные данные, которые являются файлами. Однако в моем случае «ввод» — это строка идентификатора, переданная сценарию, который обращается к серверу и загружает данные.
Мне известно о удаленные файлы в snakemake, но сервер, с которого я загружаю (ENA) отсутствует в этом списке. Более того, я использую сценарий, который вызывает aspera, чтобы улучшить скорость загрузки.
Есть идеи, как такой сценарий может быть реализован в snakemake?
Источник: